אף אחד מתוך 4,500 ניצולי השואה שעלו בצרפת על אוניית המעפילים "אקסודוס" בדרכם לארץ ישראל, לא יכול היה לשער שבסופו של המסע הוא ימצא עצמו שוב, למרבה הטרגדיה, על אדמת גרמניה הארורה. הסרט עוקב מקרוב אחר שלושה נערים יתומים שחוו את התופת הנאצית, שבו בסופה לביתם בווילנה ובאוקראינה וגילו שנותרו לבדם בעולם, ללא הורים וללא בית. ביודעם שחוף המבטחים היחיד שיקבל אותם הוא בארץ ישראל, הם נדדו בדרך-לא-דרך ברחבי אירופה במשך שנתיים עד שהגיעו לדרום צרפת, שם, בעזרת צרפתים שגילו כלפיהם חמלה אנושית ועזרה, הם יצאו ללב ים בספינת נהרות שהותאמה למסע המיוחד, וקיבלה את השם רב המשמעות 'אקסודוס' (יציאת מצרים ביוונית). הספינה ידעה טלטלות רבות והנוסעים ציפו להגיע סוף סוף לנמל חיפה, אלא שהרגע המיוחל השתבש כאשר תקפו אותם משחתות בריטיות שנגחו בספינה בלב ים. הניצולים על הספינה ניסו להיאבק והתפתח קרב עקוב מדם שבסופו הם נכנעו ונכלאו בשלוש אוניות גירוש בריטיות וחזרו ישירות לגרמניה - למחנות הריכוז המוכרים לשמצה שהפכו למחנות עקורים.